КАТЕГОРИИ:
Архитектура-(3434)Астрономия-(809)Биология-(7483)Биотехнологии-(1457)Военное дело-(14632)Высокие технологии-(1363)География-(913)Геология-(1438)Государство-(451)Демография-(1065)Дом-(47672)Журналистика и СМИ-(912)Изобретательство-(14524)Иностранные языки-(4268)Информатика-(17799)Искусство-(1338)История-(13644)Компьютеры-(11121)Косметика-(55)Кулинария-(373)Культура-(8427)Лингвистика-(374)Литература-(1642)Маркетинг-(23702)Математика-(16968)Машиностроение-(1700)Медицина-(12668)Менеджмент-(24684)Механика-(15423)Науковедение-(506)Образование-(11852)Охрана труда-(3308)Педагогика-(5571)Полиграфия-(1312)Политика-(7869)Право-(5454)Приборостроение-(1369)Программирование-(2801)Производство-(97182)Промышленность-(8706)Психология-(18388)Религия-(3217)Связь-(10668)Сельское хозяйство-(299)Социология-(6455)Спорт-(42831)Строительство-(4793)Торговля-(5050)Транспорт-(2929)Туризм-(1568)Физика-(3942)Философия-(17015)Финансы-(26596)Химия-(22929)Экология-(12095)Экономика-(9961)Электроника-(8441)Электротехника-(4623)Энергетика-(12629)Юриспруденция-(1492)Ядерная техника-(1748)
Мол-файл (Mol-file)
Кодирование структуры
Второй тип внешнего представления структур химических соединений и реакций между ними основан на непосредственном кодировании матрицы смежности молекулярного графа. Такие распространенные форматы как MOL, SDF и RDF, которые в настоящее время являются стандартными для обмена химической информацией, можно считать способами представления в виде текстового файла матрицы смежности молекулярного графа. Этой же цели служат и специфические форматы MOL2, HIN, PCM и др., предназначенные для работы с распространенными программами по молекулярному программированию.
Существует множество типов форматов файлов для хранения информации о химических структурах (табл.). Тем не менее только некоторые из них широко принимаются в хемоинформационном обществе и используются в качестве стандартных форматов для обмена информацией о химических структурах и реакций.
Табл. Наиболее важные форматы файлов для обмена информацией о химической структуре
| Формат файла | Суффикс | Комментарии | Поддержка |
| MDL Molfile | *.mol | Мол-файл, наиболее широко используемый табличный формат | www.mdli.com |
| SDfile | *.sdf | Файл по данным о структуре, расширение MDL мол-файла, содержащий одно или несколько соединений | www.mdli.com |
| RDfile | *.rdf | Файл по данным о реакции, расширение MDL мол-файла, содержащий одну или набор из нескольких реакций | www.mdli.com |
| SMILES | *.smi | SMILES, наиболее широко используемый линейный код и формат файла | www.daylight.com |
| PDB file | *.pdb | Файл банка данных о белках, формат по информации о 3D структуре белков и полинуклеотидов | www.rcsb.org |
| CIF | *.cif | Формат файла по кристаллографической информации, для информации о 3D структуре органических молекул | www.iucr.org/iucr-top/cif |
| JCAMP | *.jdx *.dx *.cs | Совместный комитет по атомным и молекулярным физическим данным, формат по структурным и спектроскопическим данным | www.jcamp.org |
| CML | *.cml | Язык химической разметки, расширение XML со специализацией в химии | www.xml-cml.org |
Наиболее широко используемыми являются два формата Mol-file и SDfile, которые были впервые описаны группой Dalby из компании MDL (Molecular Design Limited).
Мол-файл описывает одну молекулярную структуру, которая может содержать разделенные фрагменты.
|
|
Дата добавления: 2015-06-04; Просмотров: 2891; Нарушение авторских прав?; Мы поможем в написании вашей работы!