Примеры InChI

Правила InChI

· Запись начинается с InChI=, далее номер версии 1

· Далее следуют слои и подслои

Слои:

1. Основной слой

1.1. Брутто-формула (без префикса)

1.2. Связи, но не формальный порядок связи (префикс с)

1.3. Атомы водороды (префикс h)

2. Слой изотопов (префикс i)

3. Слой зарядов

3.1. Слой положительных зарядов (префикс p)

3.2. Слой отрицательных зарядов (префикс q)

4. Слой стереохимии (префикс s = 1 абсолютная, =2 относительная, = 3 рацемат)

4.1. Двойные связи (Z/E, префикс b – cis -, trans +)

4.2. Тетраэдрическая (sp³, префикс t – S -, R +))

5. Таутомеры (префикс m 1 да, 0 нет)

· При записи InChI связи обозначаются –, вне зависимости от кратности связи, разветвления обозначаются скобками ()

Например для нафталина имеем следующую запись InChI:

InChI=1/C10H8/c1-2-6-10-8-4-3-7-9(10)5-1/h1-8H

Химическая формула

Связи между атомами, начинается с с

Основной слой

· CH₃CH₂OH

InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3

InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1

· Нумерация атомов (Color List)

Нумерацию атомов рассмотрим на примере 2-хлорбутана

1. Сначала записывается брутто-формула:

C₄H₉Cl.

2. Атомам углерода С – присваиваем номер 1.

Атому Cl – номер 2. Получаем:

3. Далее нумеруем по количеству связей

ü Первый углеродный атом C связан с одним атомом → номер 1,1

ü Второй С-атом связан с двумя атомами → номер 1,2

ü Третий С-атом связан с тремя атомами → номер 1,3

ü Четвертый С-атом связан с одним атомом → номер 1,1

ü Атом хлора Cl связан с одним атомом → номер 2,1

4. Затем расставляют атомы в ряд ранжированием по принципу

(1,1) < (1,2) < (2,1) (1, 2) < (1, 2, 1)

С(1,1) = С(1,1) < C(1,2) < C(1,3) < Cl(2,1)

5. Присваиваем новые «номера» 2 2 3 4 5

6. Затем записывают новые номера атомов:

ü Углеродный атом С(1,1) стал у нас номером 2, и связан с одним атомом, с C(1,2), который стал номером 3 → номер 2,3

ü Второй С-атом 3 связан с двумя атомами: 2 и 4 → номер 3,2,4

ü Третий С-атом связан с тремя атомами → номер 4,2,3,5

ü Четвертый С-атом связан с одним атомом → номер 2,4

ü Атом хлора Cl связан с одним атомом → номер 5,4

Итого, получили:

7. Затем опять расставляют атомы в ряд по ранжированию по принципу:

C(2,3) < C(2,4) < C(3,2,4) < C(4,2,3,5) < Cl(5,4)

Дата добавления: 2015-06-04