Стереохимия транспептидации

Вы видите положения субстратов в ПТЦ рибосомы:

К рибозе Р-сайтовой тРНК присоединен пептид. Видна и А-сайтовая тРНК, в том числе рибоза, свободный 2’-гидроксил, и 3’-О, к которому присеодинена АК. Виден азот с двумя неподеленными элекетронами. Структура карбоксила плоская и прямо перпендекулярно этой плоскости направлена атакующая электронная пара. После атаки образуется тетраэдрический интермедиат – нестойкий, который потом быстро разваливается, давая деацилированнную тРНК в Р-сайте и удлиненную ППтРНК в А-сайте.

Рибосома может катализировать образование не только пептидной связи, скажем, если карбоксил атакуется не азотом, а кислородом, если в тРНК в А-сайте оксикислота (ОН/SH группа вместо NH2 может быть). Такое разнообразие субстратов говорит о том, что химизм этой реакции обеспечивается скорее всего просто правильным расположением субстратом. А никакие окружающие тРНКовые группы особого вклада в транспептидацию не вносят. Может быть за исключением единственного аденозина (24-58), который своим N3 может взаимодействовать с NH2 группой, оттягивая протон на себя, и тем самым облегчая нуклеотидную атаку. Опыты по мутантным рибосомам показали, что такое влияние есть, но оно не критично. Главное, чтобы все было правильно и жестко оирентировано в ПТЦ.

Сразу после транспептидации:

Сначала в А-участке находится тРНК с АК. В Р-участке тРНК с пептидом. Проходит транспептидация. Теперь пептид висит на тРНК в А-участке. А в Р-участке деацилированная тРНК. Эта ситуация рибосому не устраивает, потому что у пептидной связи, расположенной рядом со сложноэфирной имеется сродство к р-сайту (малому) на большой субъединице, и она туда хочет. А у деацилированной тРНК (у ее цис-гликоля) есть сродство к е-сайту и она тоже туда хочет. Это и происходит. Тела тРНК остаются на прежних местах, а ССА концы начинают мигрировать. тРНК обе занимают не классические, а гибридные места (A/p - ППтРНК, P/e –деацилированная тРНК). Концы мирировали, рибосома опять недовольна. Ситуация все равно метастабильна. Неизвестно почему, но скорее всего потому, что такое положение искажает структуру тРНК, она становится сжатой пружиной. Дальше миграция ССА концов из классического положения в гибридное, при этом хромосома несколько размыкается (про это позже).

Дата добавления: 2014-01-03