Выбор Силового поля

Сохранение в файле регистрации

Линия состояния внизу окна HYPERCHEM показывает результаты вычисления. Вы можете сохранить эти сообщения и другую информацию, касающуюся вычислений, в файле регистрации. Это сделает более легким для Вас, возможность затем печатать, изображать, или передавать информацию из файла регистрации в рукопись.

Начинать файл регистрации:

1. Если необходимо, повторно откройте HYPERCHEM.

2. Выбрать Start Log на меню File.

Открывается меню Open Log и имя открытого файла, chem.log, появляется в текстовой ячейке.

Если файл chem.log уже существует, Вы можете добавлять к нему, используя выбор Append.

3. L-щелчок на OK.

Файл регистрации chem.log начинает собирать результаты любых вычислений, которые выполнены.

Прежде, чем Вы построите из циклогексана структуру кресла и выполните оптимизацию молекулярной механикой, Вы должны выбрать силовое поле молекулярной механики, включенное в HYPERCHEM.

Силовое поле содержит типы атомов и параметры, которые должны быть назначены на молекулу прежде, чем Вы выполняете вычисление молекулярной механикой. Для этого упражнения, Вы используете силовое поле AMBER.

Выбирать силовое поле:

1. Выбрать Molecular Mechanics на меню Setup.

2. Когда ячейка диалога появляется, выбирать AMBER.

3. L-щелчок на Options, чтобы открыть ячейку диалога Force Field Options.

4. Установить Distance Dependent на Dielectric.

Это необходимо, если при вычислении не используются молекулы растворителя, типа воды, а это - обычная аппроксимация (приближение), чтобы использовать отдаленно - зависимую диэлектрическую проницаемость, в которой Кулоновские взаимодействия уменьшаются на 1/r² быстрее, чем 1/r, чтобы моделировать результат участия этого растворителя. В любом случае, Кулоновские взаимодействия могут масштабироваться дополнительным коэффициентом шкалы, если Вы выбираете значение, отличное от 1.0.

5. Установить Scale factor на 1.

6. Выбрать и Electrostatic и van der Waals 1-4 коэффициенты масштаба в 0.5.

Эти выборы определяют масштабирование несвязанных взаимодействий для атомов, которые отделены тремя связями. Параметры AMBER были получены с обоими наборами коэффициентов шкал в 0.5, так что обычно Вы должны использовать их с силовым полем AMBER.

7. Выберите Cutoffs как None.

Для вычислений на больших структурах, желательно уменьшить шкалу вычисления, игнорируя взаимодействия дальнего порядка. В случае, когда структура будет достаточно маленькая, этот выбор может игнорироваться.

8. Нажать OK для закрытия обеих диалоговых ячеек.

9. Выбрать Select Parameter Set на меню Setup.

10. Когда появляется ячейка диалога, выбрать amber2.

Несколько различных наборов параметров доступны для силового поля AMBER, и пользователи могут определять собственные наборы параметров.

Дата добавления: 2014-01-11