Минимизация энергии системы

Полученные в этом уроке навыки

• выполнение оптимизации геометрии молекулярной механикой

• выполнение одноточечных вычислений

• использование торcионных связей

• Измерение и сравнение структурных свойств системы

• использование отражения через определенную плоскость для Строителя Модели

• сохранение результатов вашей работы

Теперь Вы начинаете использовать инструменты анализа HYPERCHEM, которые помогут Вам понять поведение молекул и их взаимодействие.

В этом уроке, Вы минимизируете энергию циклогексана, используя силовое поле AMBER. Прежде, чем Вы начнете этот урок, важно понять некоторых из основных концепций минимизации энергии.

Минимизация Энергии изменяет геометрию молекул для понижения энергии системы и в результате находит более устойчивую конформацию. Во время минимизации, программа ищет молекулярное строение, в котором энергия не изменяется с бесконечно малыми изменениями в геометрии. Это означает, что производная энергии относительно всех Картезианских координат, называемых градиентом, равна нулю.

Она известна как стационарная точка на поверхности потенциальной энергии.

Если незначительные изменения в геометрических параметрах увеличивают энергию молекулы, а конформация относительно устойчива, то она будет называться как minimum. Если энергия при незначительных изменениях понижается в одном или нескольких измерениях, но не во всех габаритах, это - седловая точка.

Молекулярная система может иметь много минимумов. Система с самой низкой энергией называется - глобальный минимум, а остальные будут называться как локальные минимумы.

В этом уроке, Вы вычислите три стационарные точки для циклогексана: кресло, ванна, и твист ванна. Вы на каждой форме выполните оптимизацию молекулярной механикой и сравните энергии, чтобы определить конформацию с глобальной минимальной энергией.

Дата добавления: 2014-01-11