Паукообразные молекулы

Планирование и дизайн комбинаторного синтеза

Ограничения комбинаторного синтеза

В принципе, комбинаторный синтез позволяет синтезировать все 10 240 миллиардов возможных декапептидов. Однако имеются ограничения и, прежде всего, практические требования по весу и объему.

Прежде всего нужно ответить на вопрос: сколько гранул необходимо для комбинаторного синтеза. По статистическим причинам число гранул должно превышать число целевых молекул в десять раз. Таким образом необходимо использовать избыток гранул. И для того, чтобы сделать полную библиотеку дипептидов необходимо использовать их весом 8,4 мг. Для создания полной библиотеки тетрапептидов необходимо иметь 3,4 г каждого. Однако, для того чтобы сделать полную библиотеку декапептидов вам необходимо 215,3 тонны.

Для нахождения новых лидеров методом комбинаторного синтеза необходимо генерировать большое число различных структур.

В общем, лучше всего синтезировать “паукообразные” молекулы, называемые так, потому что они содержат центральный фрагмент (называемый центроидом или подпоркой (scaffold)), который имеет различные щупальца (заместители).

Эти щупальца содержат различные функциональные группы, которые могут быть использованы для нащупывания положений мишени, с которыми эта паукообразная молекула может вступить во взаимодействие. Шанс успеха повышается, если щупальца равномерно распределены вокруг центроида и ощупывают все трехмерное пространство вокруг молекулы.

Еще более успешным может быть получение молекул, которые имеют различные функциональные группы, находящиеся на различном расстоянии от центроида.

Дата добавления: 2014-10-15