Вычислительные кластеры

Кластер. Магистральным направлением развития параллельных ЭВМ для

крупноформатного параллелизма является построение таких систем на базе

средств массового выпуска: микропроцессоров, каналов обмена данными, сис-

темного программного обеспечения, языков программирования.

Системы с индивидуальной памятью идеально подходят для реализации на основе электронной и программной продукции массового производства. При этом не требуется разработки никакой аппаратуры. Такие системы получили название кластеры рабочих станций или просто «кластеры». Кластеры

также используются и в системах для распределенных вычислений Грид.

В общем случае, вычислительный кластер - это набор компьютеров (вычислительных узлов), объединенных некоторой коммуникационной сетью. Каждый вычислительный узел имеет свою оперативную память и работает под управлением своей операционной системы. Наиболее распространенным является использование однородных кластеров, то есть таких, где все узлы абсолютно одинаковы по своей архитектуре и производительности.

Первым в мире кластером является кластер Beowulf, созданный в научно-

космическом центре NASA – Goddard Space Flight Center летом 1994 года. На-

званный в честь героя скандинавской саги, кластер состоял из 16 компьютеров.

Особенностью такого кластера является масштабируемость, то есть возмож-

ность увеличения количества узлов системы с пропорциональным увеличением

производительности. Узлами в кластере могут служить любые серийно выпус-

каемые автономные компьютеры, количество которых может быть от 2 до 1024

и более.

В свою очередь кластеры можно разделить на две заметно отличающиеся по производительности ветви:

• Кластеры типа Beowulf, которые строятся на базе обычной локальной сети ПЭВМ. Используются в вузах для учебной работы и небольших организациях для выполнениях проектов.

• Монолитные кластеры, все оборудование которых компактно размещено в специализированных стойках массового производства. Это очень быстрые

машины, число процессоров в которых может достигать сотен и тысяч. Про-

цессоры в монолитных кластерах не могут использоваться в персональном

режиме.

Однако, в обоих случаях, кластер строится на продукции массового производства, в частности, на локальных сетях. Основное отличие кластеров от локальных сетей заключается в системном программном обеспечении (СПО). Таким пакетом в частности является широко распространенная библиотеке функций обмена для кластеров MPI (Message Passsing Interfase).

Для реализации этих функций разработчики MPI на основе возможностей

ОС Linux создали специальный пакет MPICH, решающий эту и многие другие

задачи. Такой же пакет сделан и для ОС Windows NT.

Организация кластера. Рассмотрим пример структуры кластера на базе локальной сети. Кластерная система состоит из:

• стандартных вычислительных узлов (процессоры);

• высокоскоростной сети передачи данных SCI;

• управляющей сети Fast Ethernet/Gigabyte Ethernet;

• управляющей ПЭВМ.

• сетевой операционной системы LINUX или WINDOWS;

• специализированных программных средств для поддержки обменов дан-

ными (MPICH).

Управляющая ПЭВМ кластера является администратором кластера, то есть определяет конфигурацию кластера, его секционирование, подключение и отключение узлов, контроль работоспособности, обеспечивает прием заданий на выполнение вычислительных работ и контроль процесса их выполнения, планирует выполнение заданий на кластере. В качестве планировщиков обычно

используются широко распрастраненные пакеты PBS, Condor, Maui и др.

Для организации взаимодействия вычислительных узлов суперкомпьютера в его составе используются различные сетевые (аппаратные и программные)

средства, в совокупности образующие две системы передачи данных:

Сеть межпроцессорного обмена объединяет узлы кластерного уровня в кластер. Эта сеть поддерживает масштабируемость кластерного уровня суперкомпьютера, а также пересылку и когерентность данных во всех вычислительных узлах кластерного уровня суперкомпьютера в соответствии с программой на языке MPI.

Сеть управления предназначена для управления системой, подключения рабочих мест пользователей, интеграции суперкомпьютера в локальную сеть

предприятия и/или в глобальные сети.

В качестве вычислительных узлов обычно используются однопроцессорные компьютеры, двух- или четырехпроцессорные SMP-серверы или их многоядерные реализации.

Каждый узел работает под управлением своей копии операционной систе-

мы, в качестве которой чаще всего используются стандартные операционные

системы: Linux, Windows и др. Состав и мощность узлов может меняться даже

в рамках одного кластера, давая возможность создавать неоднородные системы.

Наиболее распространенной библиотекой параллельного программирования в модели передачи сообщений является MPI. Рекомендуемой бесплатной реализацией MPI является пакет MPICH, разработанный в Аргоннской национальной лаборатории.

Коммуникационные сети. Коммутатором, противоположным по своим свойствам полному координатному соединителю, является общая шина UNIBUS, в которой осуществлятся только один обмен в единицу времени. Между этими крайними случаями имеется множество сетей, отличающихся назначением, быстродействием и стоимостью. Рассмотрим некоторые реальные системы обмена.

Шинные технологии – Ethernet. Самая простая форма топологии (bus) физической шины представляет собой один основной кабель, оконцованный с

обеих сторон специальными типами разъемов – терминаторами. При создании

такой сети основной кабель прокладывают последовательно от одного сетевого

устройства к другому. Сами устройства подключаются к основному кабелю с

использованием подводящих кабелей и T-образных разъемов. Пример такой

топологии:

Наиболее распространенной коммуникационной технологией для локальных сетей является технология Ethernet, которая имеет несколько технических реализаций. Технология Ethernet, Fast Ethernet, Gigabit Ethernet обеспечивают скорость передачи данных соответственно 10, 100 и 1000 Мбит/с. Все эти технологии используют один метод доступа – CSMA/CD (carrier-sense-multiply-access with collision detection), одинаковые форматы кадров, работают в полу- и полнодуплексном режимах. Метод предназначен для среды, разделяемой всеми

абонентами сети.

Основной недостаток сетей Ethernet на концентраторе состоит в том, что в них в единицу времени может передаваться только один пакет данных. Обста-

новка усугубляется задержками доступа из-за коллизий. Для исключения за-

держек такого рода используются промежуточные коммутаторы – свичи

(switch).

Кольцевые коммутаторы. Для кластеров большого размера (несколько десятков или сотен узлов) Ethernet оказывается медленным, поэтому используют более быстрые технологии, например, кольцевые. Наиболее известным представителем кольцевых структур является сеть SCI (Scalable Coherent Interface).Структура сети представлена на рисунке.

Каждый узел имеет входной и выходной каналы. Узлы связаны однона-

правленными каналами «точка – точка». При объединении узлов должна обя-

зательно формироваться циклическая магистраль (кольцо) из соединяемых

узлов. Один узел в кольце, называемый «scrubber» (очиститель), выполняет

функции уничтожения пакетов, не нашедших адресата. Этот узел помечает

проходящие через него пакеты и уничтожает уже помеченные пакеты. В кольце

может быть только один scrubber.

Узлы SCI должны отсылать сформированные в них пакеты, возможно с одновременным приемом других пакетов, адресованных узлу, и пропуском через узел транзитных пакетов.

Для транзитных пакетов, прибывающих во время передачи узлом собственного пакета, предусмотрена проходная FIFO очередь. Размер проходной очереди должен быть достаточен для приема пакетов без переполнения. В узле также вводятся входная и выходная FIFO очереди для пакетов, принимаемых и передаваемых узлом соответственно.

Узел SCI принимает поток данных и передает другой поток данных.Эти потоки состоят из SCI пакетов и свободных (пустых – iddle) символов. Через каналы непрерывно передаются либо символы пакетов, либо свободные символы, которые заполняют интервалы между пакетами.

Узел может передавать пакеты, если его проходная FIFO очередь пуста. Передача пакета инициируется его перемещением в выходную FIFO очередь. Если в течение заданного времени не поступает ответный пакет, то выполняется повтор передачи пакета.

Узел может послать много пакетов (вплоть до 64) прежде, чем будет полу

чен ответный эхо-пакет. Эхо-пакеты могут приходить не в том порядке, в кото-

ром были посланы инициировавшие их пакеты, поэтому необходимы номера

пакетов для установления соответствия между пакетами и эхо-пакетами.

Для предотвращения блокировок всем узлам предоставляется право доступа к SCI. Это означает, что все возможные 64К устройств могут начать передачу одновременно. Это и есть масштабируемость.

Главный недостаток сети SCI - физические ограничения на общую протя-

женность сети. Поэтому SCI применяется только для кластеров, поскольку они

расположены на ограниченной территории. SCI не подходит для Грид.

Время передачи сообщения от узла А к узлу В в кластерной системе опреде-

ляется выражением T = S+ L / R, где S - латентность, L – длина сообщения, а R -

пропускная способность канала связи. Латентность (задержка) – это промежу-

ток времени между запуском операции обмена в программе пользователя и на-

чалом реальной передачи данных в коммуникационной сети. Другими словами

– это время передачи пакета с нулевым объемом данных.

В таблице представлены характеристики некоторых технологий для обмена данными

Название технологии	Пиковая пропу- скная способность	Архитектура реализации	Латентность на уровне MPI	Стоимость
Ethernet	12 MB/ sec	Смешанная	50 мкс	Низкая
SCI	10 GB/ sec	Кольцо, тор	4 мкс	Высокая
InfiniBand	120 GB/ sec	Любая	5 мкс	Средняя

Дата добавления: 2014-01-20