Вход в комментарии Log File

Выполнение Одноточечного Вычисления

Измерение Структурных Свойств Циклогексанового Кресла

Теперь измерьте структурные свойства сформированной модели.

Позже, Вы сравните её с параметрами геометрии уже оптимизированной структуры.

Измерить геометрию молекулы:

1. Войти в форму выбора.

2. Установить метку на Atoms, и не снимать метку с Multiple Selection.

3. Выбрать несколько связей, углов и торзионных углов, чтобы исследовать геометрию структуры.

Следующие значения появляется на линии состояния после того, как Вы сделаете ваши выборы:

Длина связи: 1. 54Å

Угол: 109.47 град.

Торзионный: 60 град

4. R - щелкнуть в пустой области рабочего пространства, чтобы удостовериться, что ничего не выбрано.

Затем, Вы проводите одноточечное вычисление, чтобы получить полную энергию не оптимизированной конфигурации.

Делать одноточечное вычисление:

1. Выбрать Single Point на меню Compute.

Одноточечное вычисление сообщает об энергии в ккал/моль и общем среднеквадратичном (RMS) градиенте в kcal/(моль · Ангстрем) текущей конфигурации атомов. Следующие значения появляется на линии состояния:

Энергия = 1.64

Градиент = 3.02

В локальном минимуме, RMS градиент - закрыт и равен нулю. Таким образом, сформированная модельная структура - не локальный минимум, используя для вычислений силовое поле AMBER.

Вся информация из одноточечного вычисления была сохранена в файле регистрации. В дополнение к тому, что она появляется на линии состояния, файлы регистрации также показывают и другие компоненты энергии. Для будущей ссылки, Вы можете присоединять комментарий к файлу регистрации.

Входить в комментарий в файле регистрации:

1. Выбрать Log Comments на меню File, и войти в ячейку «комментарии» как показано:

2. L-щелчок на OK.

Дата добавления: 2014-01-11