Оптимизация Ванны Циклогексана

Измерение расстояний между аксиальными Водородами

Два аксиальных атома водорода - довольно близко находятся по отношению друг к другу в структуре ванны.

Измерить расстояние:

1. L-щелкнуть на этих двух атомах:

Линия состояния сообщает о расстоянии только 1.84Å. Это совершенно невозможно для атомов, которые являются несвязанными. Оптимизация структуры перемещает эти атомы для понижения энергии.

Минимизировать структуру ванны:

1. R-щелчок в пустой области рабочего пространства, чтобы отменить выбор атомов.

2. Выбрать Geometry Optim ization на меню Compute.

3. Нажать OK, чтобы начать минимизацию, используя предыдущие выборы.

Поскольку каждая конформация появляется в рабочем пространстве, значения для энергии и градиента появляется на линии состояния. После того, как минимизация заканчивается, линия состояния показывает такие значения:

Энергия: 8.31

Градиент: 0.08.

Дата добавления: 2014-01-11