Преобразование циклогексана из кресла в ванну

Измерение Свойств Минимизированной Системы

Управление Вычислениями

Вы закончили регулировать переменные для оптимизации и готовы к началу вычисления.

1. L-щелчок на OK к закрытию ячейки диалога и старту вычисления.

Оптимизация геометрии начинается и информация в движении появляется на линии состояния. Через какой то промежуток времени, движение заканчивается. Следующие значения появляется на линии состояния:

Энергия: 1.33

Градиент: 0.07

Градиент - намного меньше, чем градиент, измеренный в сформированной модельной структуре перед минимизацией.

Число циклов - число используемых направлений поиска (и Флетчер-Ривес, и Polak-Ribiere используют ряд одномерных исследований) и число точек - число оценок градиента и энергии.

Теперь сравните структурные свойства минимизированной системы с таковыми сформированной модельной структуры.

1. Выберите различные связи, углы, и торсионные углы.

Когда Вы делаете ваши выборы, появляется значения на линии состояния,:

Длина связи: 1.53Å

Углы: 110.2 град

Скручивания: 58.0 град

2. Сравните эти значения со следующими значениями у не минимизированной структуры:

Длины связи: 1. 54Å

Углы: 109.4 град

Скручивания: 60 град

Сравнение свойств структуры показывает, что минимизация энергии увеличила немного тетраэдрический угол и длину связи и уменьшила торзионный угол на 2 градуса.

В этом упражнении, Вы поднимаете (отражаете) один конец молекулы, чтобы вывести форму ванны для циклогексана.

Определить отражательную плоскость:

1. Пометить Multiple Selections.

2. Если Вы не в инструменте выбора, L-щелчок на инструменте Selection.

3. Сделать двойной щелчок на инструменте Selection, чтобы возвратиться сформированной структурной модели.

4. L-щелкнуть на связях 1-2 и 4-5, чтобы выбрать отражательную плоскость, показанную здесь:

5. Выбрать Name Selection на меню Select.

6. Выбрать PLANE, и затем нажмите OK.

Отражать один конец молекулы:

1. Если необходимо, Выберите Show Hydrogens и использовать Zoom tool, чтобы масштабировать молекулу так, чтобы вся молекула была видна.

2.Сделать LR-вытягивание, чтобы включить в выбор все атомы по одну сторону от первоначально выбранных связей.

3. Выбрать Reflect на меню Edit.

Выбранные атомы отражены через PLANE, производя преобразование циклогексана в ванну.

Структура должна теперь напоминать эту:

4. R - щелкнуть в пустой области рабочего пространства для снятия выделения атомов.

Дата добавления: 2014-01-11