Теория граф (диаграмм). Табличные представления

Табличные представления

Правила SLN.

SLN Sybyl Line Notation

Данная кодировка была создана в 1986.

1. Пишутся все атомы (включая водороды).

2. Одинарные связи не отмечаются, двойные обозначаются =, тройные #.

3. Для указания разветвления используются скобки ().

4. Ароматические атомы обозначаются знаком двоеточие :.

5. Кольца нумеруются цифрами – цифра ставится у тех атомов, которые образуют кольцо.

6. Цис- танс изомерия относительно двойной связи обозначается / или \ в зависимости от направления

7. Стереоизомерия (энантиомеры) обозначают @ (влево от смотрящего) или @@ (вправо от смотрящего),

C(1)H:CH:CH:CH:CH:CH:C(:@1)CH2CH(NH2)C(=O)OH

Таким образом, для фенилаланина линейное представление, записанное с помощью кодировок WLN, ROSDAL, SMILES, SLN выглядит следующим образом:

Тривиальное название, и по номенклатуре IUPAC:фенилаланин и 2-амино-3-финилпропионовая кислота соответственно.

Аналогия между структурной диаграммой и топологическими диаграммами является основой для разработки теоретического алгоритма граф по представлению информации о химической структуре.

В математических терминах структурные диаграммы, которые рисуются химиками, можно рассматривать как обычные графы. Графы состоят из узловых точек (вершин), которыми являются атомы, и ребер, которыми являются связи. В органической химии эти графы чаще всего упрощаются путем представления углеродных атомов в качестве точек, где соединяются линии, и ребер (связей) (рис. 2-10).

Рис. 2.10. Различные представления теории граф идентичной диаграммы. В теории граф важны только связи, а длины ребер или углы между ними не имеют никакого значения.

Такая диаграмма называется топологической диаграммой, т.к. она показывает только связи между атомами и тип связей между ними. Этот тип структурной презентации не содержит данных о 3D структуре, топографии молекулы.

Обычно структурная диаграмма является ненаправленной (связи не имеют направления) и маркированной диаграммой (узловые точки характеризуются символами атомов). В теории граф диаграмма не несет информации о геометрии молекулы. Диаграмма плотности (весовая) содержит номера или символы, которые ставятся в соответствие узловым точкам. Две узловые точки могут иметь различные ребра между ними (в химии, например, это многочисленные связи) (рис.2.11).

Рис. 2.11. Фенилаланин можно представить в теории граф в качестве маркированной диаграммы плотности с различными типами атомов и связей.

Естественным расширением молекулярного графа является реакционный граф, ребра которого соответствуют образованию, разрыву и изменению порядка связей между атомами.

Дата добавления: 2015-06-04