RD-файлы (файлы реакция-данные)

RD-файлы содержат набор записей. Каждая запись определяет молекулу или реакцию, и соответствующие данные по соединениям и условиям реакции. Первая строка идентифицирует файл как RD-файл. Во второй строке идут данные даты и времени записи файла. Далее записываются блоки по идентификации молекул и реакции.

Следующий тип внешнего представления структур химических соединений основан на технологии XML. Наиболее распространенным языком описания химической информации, опирающимся на эти принципы, является CML.

CML (Химический Язык разметки) является новым подходом к управлению молекулярной информацией, используя недавно развитые интернет-инструменты, такие как XML и Java. Химическая информация традиционно хранится во многих различных типах файла, которые запрещают повторное использование документов. CML использует мобильность XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам разработать документы, имеющие возможность взаимодействовать (с другой сетью, устройством). Есть много инструментов, которые могут произвести, обработать и рассмотреть документы CML. Издатели могут распределить химию в пределах документов XML при использовании CML.

CML способен к поддержке широкого диапазона химических понятий включая:

• молекулы

• реакции

• спектры и аналитические данные

• компьютерная химия

• химическая кристаллография и материалы

Ниже представлен пример химической записи в формате CML:

<?xml version="1.0"?><document><cml title="carotine" id="cml_carotine_karne" xmlns="x-schema:cml_schema_ie_02.xml"> <molecule title="carotine" id="mol_carotine_karne"> <atomArray> <atom id="carotine_karne_a_1"> <float builtin="x2" units="A">17.3280</float> <float builtin="y2" units="A">2.0032</float> <string builtin="elementType">C</string> </atom>... many atoms deleted, for space... </atomArray> <bondArray> <bond id="carotine_karne_b_1"> <string builtin="atomRef">carotine_karne_a_1</string> <string builtin="atomRef">carotine_karne_a_2</string> <string builtin="order" convention="MDL">2</string> </bond>... many bonds deleted, for space... </bondArray> </molecule></cml></document>

Нумерация атомов

Дата добавления: 2015-06-04