RXN-файлы (реакционные файлы)

SD-файлы

Представление матрицы химических реакций

Такие распространенные форматы как SDF и RDF, которые в настоящее время являются стандартными для обмена химической информацией, можно считать способами представления в виде текстового файла матрицы смежности молекулярного графа.

SD-файлы содержат структурную информацию и объединенные группы данных для одного и более соединений. Преимуществом этих файлов является не только обмен данными между базами данных, но и между вычислительным программным обеспечением. Большинство таких программ могут писать результаты своих вычислений в этом формате. В SD-файле каждая молекула представляется своим мол-файлом с дополнительными группами данных, описывающими ее неструктурные свойства (молекулярный вес, теплоту образования, молекулярные дескрипторы, биологическую активность и т.д.).

Информация по каждой молекуле ограничивается при помощи разделительной линии, содержащей только знаки «$$$$». Каждая группа данных начинается со строки параметров, где указывается название молекулы. Далее один или более рядов содержат фактические данные, они ограничиваются при помощи пустой строки.

RXN-файлы содержат структурные данные для реагентов и продуктов реакции. Первая строка содержит информацию о реагентах и продукте реакции. Вторая строка всегда остается пустой.

Третья строка содержит информацию о названии и версии программы, в которой был записан файл, дату и время записи, регистрационный номер реакции. Четвертая линия – это линия для комментариев. Если их нет, то эта строка остается незаполненной.

Далее записываются серии блоков мол-файлов для каждого реагента и продукта реакции, которые начинаются с разделительной линии. Эти блоки всегда находятся в том же самом порядке как молекулы записаны в реакции: сначала реагенты, а потом уже продукты реакции.

Дата добавления: 2015-06-04