Матрица понижения. Элементы данной вида матрицы содержат значения, которые определяют самое короткое расстояние между связанными атомами

Матрица расстояний

Элементы данной вида матрицы содержат значения, которые определяют самое короткое расстояние между связанными атомами. Расстояния можно изображать или как геометрические расстояния (в ангстремах) или как топологические расстояния (в ряду связей) (рис. 2.15).

	C1	C2	O3	H4	H5	H6	H7
C1		1.400	2.190	1.022	1.023	1.022	2.106
C2	1.400		1.123	1.999	1.982	1.999	1.022
O3	2.190	1.123		2.349	2.708	2.995	1.859
H4	1.022	1.999	2.349		1.668	1.661	2.895
H5	1.023	1.982	2.708	1.668		1.668	2.562
H6	1.022	1.999	2.955	1.661	1.668		2.336
H7	2.106	1.022	1.859	2.895	2.566	2.336

a)

	C1	C2	O3	H4	H5	H6	H7
C1
C2
O3
H4
H5
H6
H7

b)

Рис. 2.15. Матрицы расстояния этаналя с а) геометрическими расстояниями в Å и б) топологическими расстояниями. Элементы матрицы б) получаются в результате подсчета числа связей наряду с самым коротким путем между выбранными атомами.

Матрица понижения представляет собой n ´ m матрицу, где узловые точки (атомы) определяют колонки (n), а ребра (связи) соответствуют рядам (m). Запись предоставляет значение 1, если соответствующее ребро заканчивается в этой определенной узловой точке (рис. 2.16).

	C1	C2	O3	H4	H5	H6	H7
a
b
c
d
e
f

	C1	C2	O3	H4	H5	H6	H7
a
b
c
d
e
f

	C1	C2	O3
a
b

n = 7, m = 6

Рис. 2.16. а) избыточная матрица понижения этаналя может быть уменьшена путем б) удаления значений нуля с) удаления информации об атомах водорода. В неквадратной матрице атомы указаны в колонках, cвязи – в рядах.

Дата добавления: 2015-06-04